No final do século XVI, quando da fundação do povoado, ergueu se uma Capela dedicada a São Roque, sobre o atual Morro do Forte, onde então se assentava o aldeamento. Porém, em 1646, Da Maria Jácome de Mello doou uma área de terras, situada entre os rios Perequê Açu e Patitiba, para a construção do novo povoado, exigindo que nela se construísse uma Capela dedicada a N' Sa dos Remédios, e que não se molestassem os índios Guaianás, que ali viviam.

Assim, de pedra e cal, surgiu a primeira capela, que foi demolida em 1668, e, em seu lugar, construída uma igreja maior, obra executada por Raphael de Souza, que só terminou em 1712. Contava a igreja com 7 altares e duas capelas internas.

Auxiliou o final das obras a piedosa Sra. Geralda Maria da Silva, fornecendo dinheiro e escravos, e administrando ela mesma os trabalhos. Por este motivo, recebeu do Imperador D. Pedro II o título de "Dona do Paço".

A 7 de setembro de 1873, foi a igreja entregue ao culto público, precedendo à sua bênção uma procissão em que se transladaram as imagens da Igreja de Santa Rita para a nova Matriz. Este costume conserva se até hoje, por ocasião da Festa de Na Sra. dos Remédios.

A igreja foi entregue à comunidade graças a benevolência D. Geralda Maria da Silva, senhora de posses, que cedeu escravos e dinheiro para a continuidade das obras.

Conta-se que em baixo da escada que da acesso ao campanário da torre direita encontra -se enterrado seu pai, cujo dele diz a lenda ter encontrado um tesouro em Trindade .